自海峡两岸空运协议施行迄今已将近二十年了，其最为突出显著的优点在于，因直航航线而极大程度地缩减了旅行所需的耗时。往昔从台北前往上海，需要经由香港进行中转，所耗费的时间长达五六个小时，而如今直接飞行，所需时长不到两小时，获益最大的是商务人士以及需探亲的旅客。然而，其缺点同样十分明显：在部分二三线城市，航班的密度并不充足，一旦遇上节假日，便会出现一票难求的情况，并且票价波动极为剧烈，普通民众出行的成本依旧偏高。
两岸航线主力有长荣、华航，还有大陆的东航 和厦航，从准点率方面来看，表现突出的是厦航和长荣，常年维持在85%以上，从餐食以及行李额度方面而言，华航与东航的联营航班给予30公斤免费托运，对返乡探亲旅客颇为友好，然而廉价航空参与度低，价格战也不充分，整体服务水平跟国际航线相比依然存在提升空间。
协议使得两岸人员往来更为便捷，在2025年，全年往返旅客数量突破1200万人次。然而，当下依旧存在“红眼航班”比例偏高这种情况，早于7点或者晚于22点的航班占据总数将近四成。除此之外，碰到台风等恶劣天气之际，改签以及退票政策各家航司并不统一，旅客维权难度比较大。总体来讲，协议打通了物理通道，可是服务质量与民众期待存在差距。
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